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研究發展費用投資抵減制度
企業投資於研究發展（R&D）支出者，得依《中小企業發展條例》第35條規定，在不超過當年度應納營利事業所得稅額 30% 的限額內，選擇以下兩種方式之一辦理研發投資抵減：
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以研發支出金額 15% 為限，抵減當年度應納營利事業所得稅額；或
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以研發支出金額 10% 為限，自當年度起連續三年內抵減各年度應納營利事業所得稅額。
僅能擇一方式辦理，且一經選定後不得變更。
依《公司或有限合夥事業研究發展支出適用投資抵減辦法》規定，企業如欲申請適用上述研發投資抵減，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前三個月起至申報截止日期止，檢附相關文件向中央目的事業主管機關申請，並取得資格條件及當年度研發活動符合規定之認定。
以 2025 年度之研發支出為例，企業應於 2026 年 2 月至 5 月底前提出研發活動認定申請；申請日以經濟部產業發展署（IDA）收件日為準，逾期申請不予受理。
研發投資抵減適用的認定主管機關
研發投資抵減之認定與審核，須先經 經濟部產業發展署（IDA） 核准，以確認企業研發計畫是否屬於《產業創新條例》規定之範疇。請參考以下連結。
https://www.ida.gov.tw/ctlr?PRO=application.rwdApplicationView&id=1373
稅務認定機關
雖然研發計畫內容由經濟部產業發展署（IDA）或其他相關機關審查，但研發投資抵減最終能否適用，仍由公司營利事業所得稅申報所在地之國稅局審核。換言之，國稅局才是最終決定所申請之研發投資抵減能否適用的機關。
申請程序
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公司將研發計畫送交經濟部產業發展署（IDA）審查，並取得核准/認定函。
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公司於申報年度營利事業所得稅時，檢附認定函及相關文件，送交國稅局。
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國稅局審查後，決定是否核准研發投資抵減。
符合研發投資抵減認定的支出
“公司或有限合夥事業研究發展支出適用投資抵減辦法中，定義 “研發費用如下：
第 4 條 ....研究發展，限於公司或有限合夥事業研究發展單位所從事之下列活動態樣：
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為開發或設計新產品、新服務或新創作之生產程序、服務流程或系統及其原型所從事之研究發展活動。
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為開發新原料、新材料或零組件所從事之研究發展活動。
前項所定活動態樣，不含為改進現有產品或服務之生產程序、服務流程或系統及現有原料、材料或零組件所從事之研究發展活動。
第 5 條 ...研究發展單位從事前三條研究發展活動所支出之下列費用：
一、專門從事研究發展工作全職人員之薪資。
二、具完整進、領料紀錄，並能與研究計畫及紀錄或報告相互勾稽，專供研究發展單位研究用之消耗性器材、原料、材料及樣品之費用。
三、專為研究發展購買或使用之專利權、專用技術及著作權之當年度攤折或支付費用。
四、專為用於研究發展所購買之專業性或特殊性資料庫、軟體程式及系統之費用。
五、專門從事研究發展工作全職人員參與研究發展專業知識之教育訓練費用。
公司或有限合夥事業未設置研究發展單位，但配置於非屬研究發展單位之全職研究發展人員確係專門從事研究發展活動，且投入研究發展活動之各項支出可與非研究發展活動明確區分者...檢附下列文件:
一、工作內容、工作時間紀錄及足資證明為符合專門從事研究發展工作全職人員之文件。
二、購置目的、內容及足資證明專為研究發展用途之文件。
雖然經濟部產業發展署已經核准，國稅局仍可能重新審查研發支出。國稅局曾經發布的新聞稿，看起來產發局已經核准但是國稅局仍然調整了研發費用的認定。
甲公司111年度營利事業所得稅結算申報，列報產業創新條例第10條規定之研究發展支出新臺幣5,000萬元，並於支出金額15%限度內，抵減當年度應納稅額750萬元(5,000萬元×15%），惟經該局核對研發人員名冊、工作內容及研發報告等文件，發現其中部分員工係從事測試、市場調查及統計等工作，非屬專門從事研究發展工作之全職人員，遂調減該等員工薪資之研究發展支出700萬元，核定甲公司111年度研究發展支出適用投資抵減金額為645萬元［(5,000萬元－700萬元)×15%]。
企業應注意，依據國稅局新聞稿說明，從事測試、檢驗、市場調查或統計工作的相關人員，無論隸屬於研發單位或其他部門，均不被視為從事合格之研發工作。因此，其相關支出可能不得適用研發投資抵減。