常常有剛創業的朋友詢問哪些營業稅可以扣抵，哪些不行扣抵? 先將可以扣抵的三大原則整理如下：
原則一、公司的統一編號以及抬頭填寫正確。
原則二、一定要取得台灣的統一發票，收據、付給個人房東的租金、給付薪資、勞務報酬不能扣抵。
收據、付給個人房東的租金、給付薪資、給付給律師、會計師的執行業務報酬不能扣抵因為本身不含營業稅，所以不行扣抵。房東是公司或行號並開立統一發票的，租金的進項稅額可以扣抵。收到其他國家的發票，同樣因為本身不含營業稅當然也不能抵台灣的營業稅。
營業稅的性質為代收稅，例如10月1日「示範教學公司」販售10盒彩色筆含營業稅金共2,100元給「台灣公司」，「台灣公司」給付2,100元中有100元為營業稅，2,000元才是銷售額。「示範教學公司」在11月15日申報營業稅時要把這100元繳給財政部。假設「示範教學公司」的彩色筆進貨價為1,890元，其中90元為進項的營業稅，則這90元可以扣抵當期的營業稅，只需繳10元營業稅。
當然如果「示範教學公司」的彩色筆是向國外廠商採購，因為進口時海關會代徵營業稅，海關代徵營業稅繳納證的扣抵聯就是進項憑證，可以在當期申報扣抵；當期銷項稅額不夠抵的部分，才留抵下期。
原則三、具有消費性質的開銷，不得扣抵。
這個比較難理解，不想理解的直接跳到規定。
營業稅的全名叫加值型營業稅，本質是最終消費者要負擔商品的所有營業稅，而生產販售者只是代徵營業稅，並且根據加值的部分繳交營業稅。
假設A公司販售蛋糕給B公司含稅價105元，B公司再販售給C消費者含稅價126元，最終消費者事實上付了6元的營業稅稅金給B公司。B公司要繳1元稅金，A公司假設沒有成本A公司要繳5元稅金。
由於營業稅是由最終消費者繳全部的稅金，因此具有消費性質的開銷因為此消費行為已是供應鏈的最終消費者，所以必須要承擔此稅金，不得再扣抵。
規定條文
營業稅法第19條規定，營業人左列進項稅額，不得扣抵銷項稅額
一、 購進之貨物或勞務未依規定取得並保存第三十三條所列之憑證者。
二、 非供本業及附屬業務使用之貨物或勞務。
但為協助國防建設、慰勞軍隊及對政府捐獻者，不在此限。
三、 交際應酬用之貨物或勞務。
四、 酬勞員工個人之貨物或勞務。
五、 自用乘人小汽車。
由於營業稅法的本法涵蓋實務上的大部分情況，國稅局會不時推出解釋函令作更細部的規範。
解釋令歸納如下：
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招待客戶所支付之旅費、住宿費。
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購買非供銷售或提供勞務使用的九座以下乘人小客車(但購入客貨兩用車或小貨車可抵稅)。
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交際應酬餽贈他人禮物，或股東會贈送股東之紀念品。
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員工福利：獎品、禮品、旅費、康樂費、辦理員工伙食而購買主副食、炊事用具及設備、員工住宿租金、水電及瓦斯費。
進項發票忘了在當期申報，還能扣抵嗎?
可以。進項憑證沒有在當期申報的，可以延到次期申報扣抵；次期還沒申報的，要在申報扣抵的那一期敘明理由。但申報扣抵的期間最長 10 年（營業稅法施行細則第29條）。