發票遺失要怎麼辦，取決於遺失的是哪一種發票。空白未使用和已開立，程序完全不同。
空白未使用的發票
依統一發票使用辦法第 23 條規定，營業人遺失空白未使用之統一發票者，應即日敘明下列事項，向主管稽徵機關申報核銷：
- 遺失原因
- 遺失之統一發票種類
- 字軌號碼
主管稽徵機關是公司登記地的國稅機關，例如信義國稅局、內湖稽徵所等。
已開立的發票
| 遺失的一方 | 遺失的聯別 | 處理方式 |
|---|---|---|
| 賣方 | 存根聯 | 向買方索取蓋章證明的原收執聯影本，作為替代 |
| 買方 | 扣抵聯或收執聯 | 取得原銷售人蓋章證明之存根聯影本，或用未遺失聯的影本自行蓋章證明 |
以此替代作為進項稅額扣抵憑證或記帳憑證。
注意事項
營業人遺失已開立之統一發票存根聯，或遺失取得之統一發票扣抵聯、收執聯，均得向買受人（銷售人）取得原統一發票收執聯（存根聯）影本，並經由買受人（銷售人）蓋章證明，以影本代替作為記帳（進項）憑證。
發票遺失後應儘快完成上述處理，以避免因未依規定保存憑證而遭受罰款。
實例：及時取得證明可以免罰
甲公司銷售貨物一批予乙公司，開立銷售額 100 萬元、稅額 5 萬元、買受人為乙公司之統一發票，甲公司卻不小心將發票存根聯遺失。
甲公司旋即與乙公司聯繫，取得乙公司蓋章證明之收執聯影本來代替遺失之存根聯。
嗣後甲公司雖被查獲遺失發票存根聯涉及未依規定保存憑證，原應依稅捐稽徵法第 44 條規定，就經查明認定之總額處 5% 以下罰鍰（本例最高 5 萬元，每案上限 100 萬元）；惟因甲公司已取得與原應保存憑證相當之證明，即免依稅捐稽徵法第 44 條規定處罰。
常見問題：如何申報遺失的空白統一發票？
立即報告。 一旦發現發票遺失，應立即準備相關資料，包括遺失的原因、發票的種類及字軌號碼。
向主管機關申報。 將上述資料提交給主管稽徵機關進行核銷申報。這一步驟是為了防止不法分子利用遺失的發票進行虛開。
填寫申報書。 可以下載並填寫遺失統一發票的專用承諾書，並附上必要的證明文件。
及時處理。 應儘快完成申報，以免遭受罰款或其他法律責任。
常見問題：電子發票弄丟了怎麼辦？
電子發票的存根檔、收執檔都存證在財政部電子發票整合服務平台，不會有空白發票遺失的問題。買方弄丟的只是列印出來的電子發票證明聯時，可以請賣方補印（證明聯會註記「補印」），或由買方登入平台查詢下載，作為記帳及申報扣抵的依據。