115年（2026年）台股大漲，很多公司帳上的投資部位都有可觀的獲利。常見的情況包括：
- 公司把閒置資金拿去買上市櫃股票或國內基金，今年獲利了結；
- 集團重組，把轉投資子公司的股票賣給關係企業或外部投資人；
- 外商在台子公司用暫時用不到的營運資金投資台股或國內基金。
依所得稅法，證券交易所得自79年起停止課徵所得稅，所以這些獲利不用併入營利事業所得稅的課稅所得額。但所得基本稅額條例規定，營利事業計算「基本所得額」時，要把這筆停徵的所得加回去。
停徵不等於免稅：證券交易所得是最低稅負制（所得基本稅額）最主要的加計項目，獲利越大，越可能要補繳稅款。南區國稅局115年6月對外說明，轄區企業114年度申報的基本稅額比前一年增加約47%，主要來自股票及有價證券的獲利。
哪些交易要計入基本所得額
| 出售標的 | 一般營所稅 | 基本所得額 |
|---|---|---|
| 上市、上櫃、興櫃股票 | 停徵 | 計入 |
| 未上市櫃股票（有發行股票，屬有價證券） | 停徵 | 計入 |
| 國內基金受益憑證 | 停徵 | 計入 |
| 期貨（課徵期貨交易稅者） | 停徵 | 計入 |
| 持股過半、價值50%以上來自台灣房地的公司股權（上市櫃、興櫃除外） | 視同房地交易，適用房地合一稅 | 不是證券交易所得，不加計 |
| 經主管機關核可的衍生性金融商品 | 交易完成年度併入課稅所得額 | 不加計 |
判斷時先確認「這筆是不是證券交易所得」，再談最低稅負。個人出售未上市櫃股票的處理方式不同。
計算方式：四個步驟算出計入數
證券交易所得不是直接全額加回。依所得基本稅額條例及施行細則，順序如下：
- 持有滿3年以上的股票：當年度出售的所得，先減除當年度出售同類股票的損失。
- 合併計算：上一步的餘額，與持有未滿3年的股票、其他證券及期貨交易的所得或損失合併。合計為負數時不計入，留到以後年度減除。
- 減除以前年度損失：合計為正數時，減除前5年經國稅局核定的證券交易損失，要按損失發生年度的順序逐年減除，不能自己挑年度或金額。
- 半數計入：減除後的餘額，在第1步算出的「持有滿3年股票淨利」範圍內，以半數計入；超過的部分全數計入。持有期間採先進先出法計算。
營利事業於一百零二年度以後出售其持有滿三年以上……之股票者，……餘額為正者，以餘額半數計入當年度證券交易所得。（所得基本稅額條例）
算出計入數後，再依下表比較：
| 項目 | 規定 |
|---|---|
| 基本所得額 | 課稅所得額＋證券交易所得計入數＋其他應加計的免稅所得 |
| 扣除額 | 60萬元（條文為50萬元，依物價指數調整；財政部114年11月19日公告仍為60萬元） |
| 徵收率 | 12%（條文授權行政院在12%至15%之間訂定） |
| 基本稅額 | （基本所得額－60萬元）×12% |
| 一般所得稅額 | 依所得稅法計算的應納稅額，減除投資抵減後的餘額 |
| 應補繳 | 基本稅額高於一般所得稅額時，補繳差額；差額不能再用投資抵減扣除 |
| 申報期限 | 次年5月1日至5月31日，併同營所稅結算申報，差額於申報前自行繳納 |
試算案例
以下為假設案例。甲公司115年度（116年5月申報）的資料如下：
- 課稅所得額200萬元，沒有投資抵減，一般所得稅額＝200萬元×20%＝40萬元
- 出售A上市股票（108年買進，持有滿3年）獲利1,200萬元
- 出售B上櫃股票（115年初買進，持有未滿3年）損失200萬元
- 114年度經國稅局核定的證券交易損失100萬元，尚未扣除
基本稅額
70.8 萬元- （650 萬 － 60 萬）× 12%
一般所得稅額
40 萬元- 200 萬 × 20%
甲公司115年度的所得稅合計70.8萬元，比只看營所稅多出30.8萬元。
持有期間差一點，稅負差很多
同樣的交易，如果A股票是113年才買進、持有未滿3年：
A股持有滿3年｜應補繳差額
30.8 萬元- 證券交易所得計入數：900 萬 × 50% ＝ 450 萬元
- 基本所得額：650 萬元
- 基本稅額：（650 萬 － 60 萬）× 12% ＝ 70.8 萬元
A股持有未滿3年｜應補繳差額
84.8 萬元- 證券交易所得計入數：900 萬元全數計入
- 基本所得額：1,100 萬元
- 基本稅額：（1,100 萬 － 60 萬）× 12% ＝ 124.8 萬元
只差在持有期間，補繳金額就多了54萬元。同一檔股票分批買進時，哪幾張滿3年要用先進先出法認定，不能挑成本最高或持有最久的先賣。
常見錯誤
- 以為停徵就不用填：有證券交易所得，就要在結算申報時一併填報基本稅額申報表；即使算下來不用補稅，損失年度如實申報，以後年度才有核定損失可以扣。
- 自己挑損失扣除的年度或金額：臺北國稅局114年12月公布的案例，公司當年度有證券交易所得1,300萬元，只自行扣除前一年度損失300萬元，想把其餘損失留到以後；國稅局認定前一年度核定的800萬元損失要全數先扣。
- 把證券交易損失列進營所稅：所得稅法規定證券交易損失不得自所得額減除，出售股票的損失只能在基本所得額內處理。
- 沒有分攤費用和利息：依所得稅法，同時有應稅與免稅所得時，相關成本費用要合理分攤；借錢買股票的利息全列在營所稅，查核時常被調整。
- 把房地股權當成證券交易：適用房地合一稅，不是停徵的證券交易所得，申報方式完全不同。
- 以為投資抵減可以扣到差額：研發等投資抵減只能扣一般所得稅額，所得基本稅額條例明定差額不得以投資抵減減除。
哪些營利事業不用繳
依所得基本稅額條例，下列營利事業不適用最低稅負制：
- 獨資、合夥組織；
- 在台灣沒有固定營業場所及營業代理人的外國營利事業；
- 辦理清算申報或宣告破產的營利事業；
- 基本所得額在60萬元以下者；
- 沒有適用投資抵減，也沒有應加計項目者。
外國母公司直接出售台灣子公司股票，若在台灣沒有固定營業場所，就不適用最低稅負制；但要另外確認是否屬房地股權交易。外國公司在台分公司則屬在台有固定營業場所，分公司名下的股票交易仍要計入基本所得額。
松哲實務觀點
我們看到的漏報，多半不是公司刻意隱匿，而是分工出了問題：股票由財務或老闆自己操作，券商對帳單沒有交給記帳人員，結算申報時只依帳上損益表填報，基本稅額申報表上的證券交易所得就空著。
建議做法：
- 每年年底前調出全年交易明細：向所有往來券商、投信索取年度對帳單，連同未上市股票的買賣契約，交給簽證或記帳會計師。
- 建立持股取得日清冊：依先進先出法記錄每批股票的取得日與成本，出售前就知道哪些已滿3年。
- 年底前試算基本稅額：獲利大的年度，可以在年底前試算，評估是否把持有快滿3年的部位延後到滿3年再出售。
- 損失年度也要申報：證券交易損失要經國稅局核定才能往後5年扣除，並依年度順序使用，建議保留歷年核定通知書。
證券交易所得是停徵，不是免稅；有交易就要算、要報，持有期間與損失扣除的順序都會影響要補多少稅。
本文依公開法規與國稅局發布資料整理，僅供一般參考，不構成個案稅務意見；個案適用請以主管機關核定及法規原文為準。案例為假設情形。